Muzeum powstało w 1936 roku jako Muzeum Dawnej Warszawy, oddział Muzeum Narodowego. Placówka objęła opieką zbiory varsavianistyczne, a jej siedzibą stały się zakupione przez magistrat w latach 1937 – 1938 trzy kamienice przy Rynku Starego Miasta: Baryczkowska, Kleinpoldowska i „Pod Murzynkiem” (nr 32, 34, 36).
Dzisiaj Muzeum Warszawy, oprócz siedziby w 11. staromiejskich kamieniczkach, posiada także swoje oddziały: Muzeum Drukarstwa Warszawskiego, Muzeum Farmacji im. Antoniny Leśniewskiej, Muzeum Woli, Muzeum – Miejsce Pamięci Palmiry, Ośrodek Dokumentacji i Badań KORCZAKIANUM, Muzeum Warszawskie Pragi, Muzeum Ordynariatu Polowego.
Muzeum prowadzi działalność naukowo-wydawniczą i wystawienniczą, dysponuje własnymi pracowniami konserwatorskimi, proponuje szeroką ofertę edukacyjną. W muzeum działa kino, organizujące seanse filmów o Warszawie oraz sklep z pamiątkami varsavianistycznymi.
Od 25 stycznia 2013 roku zainteresowani historią i architekturą Warszawy będą mogli odwiedzić nowe miejsce – Centrum Interpretacji Zabytku, będące częścią Muzeum Historycznego m.st....
Znany jest już werdykt jury w konkursie na koncepcję scenariusza i koncepcję plastyczno – przestrzenną ekspozycji stałej Muzeum Warszawskiej Pragi – Oddziału Muzeum Historycznego ...